Um vilarejo ninja, de nome Konoha, recebeu um dia uma visita inesperada: o bijuu Kyuubi (uma raposa gigante de nove caudas) apareceu destruindo tudo o que encontrava. Ninjas morreram, casas foram destruídas, até que aparece o Hokage do vilarejo, o líder, o Yondaime (Quarto) Hokage. Chamado por muitos de o ninja mais forte, o Relâmpago Amarelo de Konoha, ele lutou contra a Kyuubi com a ajuda do rei dos sapos, Gama Bunta. Vendo que não tinha como ganhar, usou uma técnica proibida: ele selaria essa raposa dentro do corpo de uma criança e morreria no processo. Assim ele fez, e o escolhido foi Uzumaki Naruto. O Hokage anterior, Sandaime Hokage, voltou ao posto e proibiu qualquer pessoa que soubesse do passado do Naruto e da Kyuubi de contar para qualquer um (em especial Naruto), escondendo informações.
Naruto cresceu sem pais, sem conhecer ninguém de sua família, ajudado por um programa do vilarejo. Por causa da Kyuubi, todos os adultos o desprezavam, e seus filhos como consequência sem nem saber o porque não gostavam dele. Por ele ser sozinho, tentou arranjar amigos. Não era bom nas técnicas ninjas (salvo as técnicas pervertidas, no que era mestre), e por isso decidiu chamar a atenção, e resolveu ser Hokage, virando o maior ninja de todos os tempos. A única pessoa a realmente notá-lo foi seu professor da Academia, Umino Iruka, que virou um pai que ele nunca teve.
Somente após uma conspiração tramada por Touji Mizuki para fazê-lo roubar o pergaminho proibido de Konoha que continha os passos da técnica de selamento, Naruto descobre o motivo do ódio (pela boca de Mizuki): ele tem a Kyuubi dentro de si. Mizuki o considera uma raposa, que merece morrer. Quando vai matá-lo, Iruka o salva, ficando gravemente ferido. Naruto se emociona com as palavras de Iruka e decide acabar com Mizuki: usando o jutsu que ele aprendeu no pergaminho (o primeiro passo para a técnica de selamento, o único que ele aprendeu), Kage Bunshin no Jutsu, Naruto o derrota, e vira um ninja de verdade.
Após a gradução na Academia Ninja, Naruto é posto no Time 7 do jounin Hatake Kakashi junto com seus colegas de classe Uchiha Sasuke e Haruno Sakura. O motivo de ter sido posto neste time foi para balancear as forças, já que Naruto era o pior aluno da classe, e Sasuke, o melhor. Mesmo com tanta discrepância no nível das habilidades, Naruto considerava Sasuke como um rival, tanto nas artes ninja quanto pelo amor da ninja Haruno Sakura (apesar dela detestar Naruto naquele tempo).
Num “exame final” dado por Hatake Kakashi, Naruto aprende, dolorosamente, a antiga e suprema técnica da Vila Oculta da Folha, Sennen Goroshi (erroneamente conhecida como Mil Anos de Dor). Eles aprendem na marra que o importante para um ninja é seguir as regras, mas não à risca, de acordo com o caso, que o ninja tem que ler nas entrelinhas e sempre se preocupar com seu companheiro, aumentando seu trabalho em equipe, sem esquecer de se desenvolver individualmente.
Naruto passa por várias outras missões e faz novos amigos. Antes conhecido como um lixo, o pior da sala, ele mostra que é realmente bom, vencendo lutas, criando amizades e confianças, e mudando a cabeça de muitos, como Hyuuga Neji e Tsunade.